O juiz federal Murilo Mendes, da Vara Única de Sinop, no estado de Mato Grosso, condenou os pilotos a quatro anos e quatro meses de prisão, mas a pena foi substituída por serviços comunitários nos Estados Unidos.
O juiz decretou ainda a suspensão temporária das licenças de voo dos pilotos, não tendo, porém, determinado o pagamento de indemnizações às vítimas pelos danos causados.A justiça brasileira considerou ter havido negligência por parte dos pilotos por não terem verificado o funcionamento do equipamento da aeronave que transmite aos controladores aéreos informações de voo, como a altitude, velocidade e sua direcção, bem como do sistema que acompanha a posição da aeronave em relação ao solo e a outras aeronaves e que permite evitar colisões.
O Boeing 737-800 da Gol tinha partido de Manaus com destino ao Rio de Janeiro, com escala em Brasília, e o Legacy, que estava ao serviço de uma empresa norte-americana de táxi aéreo, saiu de São José dos Campos para Manaus.
O Legacy, fabricado pela Embraer, colidiu em pleno voo com o Boeing da companhia aérea brasileira Gol a 29 de Setembro de 2006. O avião comercial despenhou-se na selva amazónica, na região norte do estado de Mato Grosso, causando a morte a todos os 154 passageiros, entre eles o empresário português António Armindo.